吗丁啉是目前临床上应用较多的胃肠动力药，主要用于反流性食管炎、反流性胃炎及慢性胃炎的辅助治疗。但在使用吗叮啉时，必须避免和以下药物配伍使用，否则会影响这些药物的疗效。
1.抗酸剂抗酸剂
主要用于治疗溃疡病，其在胃内停留时间要长，以利于药物分布在胃黏膜表面，保护胃黏膜。若同用吗叮啉，会增加胃肠蠕动，从而缩短抗酸剂在胃中的停留时间而减低疗效。
2.H2受体阻滞剂
药理学研究证实，H2受体阻滞剂抑制胃酸分泌的疗效与剂量及该药在胃内停留时间密切相关。若与吗丁啉合用，必然减少其在胃内停留时间，从而影响H2受体阻滞剂的疗效。
3.硫糖铝
硫糖铝有抗胃蛋白酶、抑制胃酸分泌及保护胃黏膜作用，有利于改善溃疡症状和创面修复。若与吗丁啉配伍，其作用必然由于吗丁啉的胃动力作用而减弱。
4.胃蛋白酶
胃蛋白酶主要有消化蛋白质的作用，但它只有在酸性条件下作用最强。若与吗丁啉合用，由于后者增强胃蠕动，必然使胃蛋白酶迅速进入碱性环境的肠腔而难于发挥疗效。
5.抗胆碱药
由于吗丁啉促进胃蠕动，抗胆碱药抑制胃肠蠕动，二者作用正好相反。如果合用，二者疗效均减低。
6.胃复安
由于两者同属止吐药，均能增强胃肠蠕动，促进胃的排空，只是作用机制不同。若二者合用，会增加药物的副作用。
