(1)对人体体能、体态方面的危害
慢性疲劳综合症能够大大损伤人体的体力、体能，使人感到疲惫、乏力，身体失衡，其主要原因除了身体的整体肌力不足之外，整体活动的协调不足也是重要的一个方面。基于上述两点，可以导致慢性疲劳综合征的患者行动迟缓，步态沉重，步幅缩小，动作失灵，久立不稳，疲乏无力，腰酸腿软，肌力减退。难以从事或完成某些消耗体力较大及动作细腻、精巧的工作，致使患者深感力不从心。
(2)对人体免疫系统的危害
免疫系统健全与否是健康的重要标志之一。慢性疲劳综合征的存在，必然会使人体的免疫系统功能与调节失常，乃至引起免疫功能低下。免疫功能不足，削弱了机体的抗病能力，破坏了防御疾病的天然屏障，为各种各样疾病的发生打开了通路，患病的机会必将大大增加。
(3)对人体循环系统的危害
慢性疲劳综合征造成的机体萎靡状态，活动减少，血流缓慢，血液沉滞，可导致心血管系统发生程度不同的病变，患者常常感觉心悸、气喘，活动后尤为显著，时常叹息。体格检查时可以发现血压不稳(偏高或偏低)，心率较快，甚至可以出现心律不齐(多为窦性)。
(4)对人体神经系统的危害
慢性疲劳综合征对神经系统的危害主要累及中枢神经系统，多由于脑部血液供应不足所引起的组织乏氧所致，常表现为“脑疲劳”症状，如记忆力下降，注意力不集中，头脑不清爽，反应迟钝，头晕头痛。有时还可以出现某些精神症状，如忧郁、焦虑、烦躁、易激动、缺涵养等。这类病人常可进一步影响睡眠，出现失眠(入睡困难，或睡眠不深，中间早醒等)多梦、夜惊等。睡眠不足，又可以导致脑疲劳，如此反复，形成恶性循环，致使症状不断加重，难以治愈，十分痛苦。
